ההבנה שלמידה של דיסציפלינה אחת, מנותקת מדיסציפלינות אחרות, זו שיטה שאין לה אחיזה במציאות של ימינו היא הבנה שהולכת ומחלחלת למערכת החינוך. ברור לנו היום שהמציאות המודרנית – מציאות של מאגרי מידע זמינים, שוק עבודה שמשתנה ללא הרף, אינטליגנציות מרובות ופתיחת מושגי יסוד כמו חינוך, למידה והצלחה לפרשנויות מהפכניות – מכתיבה לנו את הצורך לבצע התאמות בדרכי הלמידה ולבחון מחדש את תפקידה של המערכת בתהליכי הצמיחה וההתפתחות של הלומד.
המערכת מחפשת עוד ועוד דרכים לקיים למידה מולטי-דיסציפלינרית, אשר מבוססת על חקר, עבודת צוות (רב-גילית), מגוון אפשרויות בחירה וגמישות בשילובים השונים בין מקצועות הלימוד, כמו גם בדרכי ההערכה של תהליכי הלמידה.
מעל הכל, תפקידה של מערכת חינוכית היא לשמר (רצוי גם לפתח) את התשוקה הטבעית של הלומד לחקר, גילוי, צמיחה והתפתחות. כאשר מתייחסים למטרה זו כמטרת על, חשובה יותר מכל מטרה אחרת, הנגזרת המיידית שלה היא שהתהליכים שהלומד עובר במערכת החינוך חייבים להיות כאלה שמעוצבים ומנותבים עפ"י בחירותיו ומותאמים באופן אישי אליו.
כאשר מצרפים את שלושת הנחות היסוד הנ"ל לכדי תובנה אחידה, ברור לנו שתפקידה של מערכת החינוך הוא לייצר עבור הלומד סביבת למידה מגוונת ומודולרית שתעודד אותו לחקור, לצמוח ולהתפתח, ותזמן לו הזדמנויות לקיים סוגים שונים של חיבורים והתאמות, הן בתחומי הלימוד והן באופן הלמידה.
מענה מצוין לתובנה זו ניתן למצוא בשיטת אשכולות הלמידה: 5.1. התפיסה מחלקת את מגוון תחומי הלמידה העומדים בפני הלומד לאשכולות שונים. מגוון האשכולות והתוכן שלהם נתון להחלטת קהילת בית החינוך (בכפוף לתהליכי קבלת ההחלטות בכל קהילה), בהתאם לתפיסת עולמה, ערכיה וסדרי העדיפויות שלה. 5.2. כל אשכול סובב סביב מכנה משותף מסוים. הוא יכול להיות נושא (איכות סביבה, חברה וקהילה, דמוקרטיה וכו'), דיסציפלינה (מתמטיקה, אנגלית, שפה וכו'), מיומנות (מיומנויות למידה, חנ"ג וכו') או כל דבר אחר. 5.3. לכל אשכול יש רכז\ת אשר מגדיר את החוט המקשר בין הנושאים השונים באותו אשכול. אותו חוט מקשר מאפשר לכל המורים\חונכים אשר אחראים על נושא מסוים באותו אשכול לבנות את הנושא עליהם הם אחראים בצורה שתאפשר לבצע חיבורים הגיוניים בין הנושאים באותו אשכול. החוט המקשר יכול להיות כל דבר - תחום ידע, מיומנות, ערך, אירוע היסטורי וכו'. 5.4. החוט המקשר של כל אשכול מאפשר שני דברים: 5.4.1. יצירת בסיס משותף עבור כל המורים\חונכים השותפים לאותו אשכול, סביבו ייבנו הסילבוסים של כל קורס באשכול. 5.4.2. יצירת בסיס לשילובים בין האשכולות השונים - השילובים בין האשכולות יתבססו על השלמות או הקבלות בין החוטים המקשרים, ולא על נושאי הלימוד בלבד. לדוגמא: אשכול הומניסטיקה יכול להבנות סביב נושא מקשר - זכויות אדם, ודרך נושא זה להשתלב עם אשכול חברה וקהילה הבנוי סביב יוזמה ומעורבות או עם אשכול אנגלית הבנוי סביב למידת עמיתים. 5.5. כל נושא באשכול יכול להיות קורס בפני עצמו או להוות קורס בשילוב עם נושא מאשכול אחר. 5.6. קורס יכול להיות שנתי, סמסטריאלי או סדנאי (מספר מפגשים מוגבל). 5.7. לכל קורס יש קהל יעד גילאי עפ"י מבנה הקורס ותוכנו. קהל היעד יכול להיות חד גילי עד רב גילי (אפילו א-ז ביחד). 5.8. כל רכז אשכול יכול "לגייס" לאשכול שלו מורים מגוונים (בנוסף לאנשי הצוות החינוכי שישובצו לאותו אשכול) - הורים, תלמידים או "מרצים חיצוניים", וכך להרחיב את המגוון בתוך האשכול. 5.9. במערכת השעות של בית החינוך יופיעו האשכולות ולא הקורסים (לדוגמא: יום א', שעות 3-4, אשכול שפה לקבוצת א-ב-ג ואשכול אנגלית לקבוצות ד-ה, ו-ז). כל תלמיד יוכל לבחור לעצמו קורס מתוך אותו אשכול שהוא רוצה לקחת. 5.10. במקרה של שילובים בין האשכולות, רכזי האשכולות יציגו את דרישות הקורס (המורים ומשך הזמן) לוועדת מערכת אשר תשבץ את הקורסים במערכת השעות של בית החינוך, עפ"י הדרישות.
בשיטת אשכולות הלמידה מתקיימת למידה נושאית, מולטי דיסציפלינרית, המשולבת במערכת השעות בצורה המאפשרת: 6.1. לכל תלמיד לבחור נושא שמעניין אותו (וכך לבנות לעצמו מערכת אישית מגוונת). 6.2. בנייה של קבוצות למידה במבנים מגוונים (חד גילאיים עד רב גילאיים). 6.3. חוויה של שיטות הוראה מגוונות - למידת עמיתים, קבוצות חקר, סדנאות קצרות טווח וכו'.